Plusieurs outils spécifiques à Natura 2000 existent pour mettre en oeuvre les actions du DOCOB :
La Circulaire du 27 avril 2012 relative à la gestion contractuelle des sites Natura 2000 majoritairement terrestres en application des articles R. 414-8 à 18 du code de l’environnement précise ces différents outils et leur cadrage réglementaire.
D’autres outils complémentaires peuvent également contribuer à la restauration et à la gestion des habitats et des espèces d’intérêt communautaire :